独自ドメインを複数取得して複数のサイトを運用したい場合はバーチャルホストを設定します。
CentOS、および、ubuntuにインストールされたApacheにバーチャルホストをそれぞれ設定してみました。OS、Apacheの組み合わせは以下です。
CentOS 6.10 ＋ Apache 2.2.15
ubuntu 18.04 LTS ＋ Apache 2.4.29
※補足：この記事の内容は「ドキュメントルートの変更」をしたあとに行っています。
rootユーザで作業します。
■CentOS 6.10 ＋ Apache 2.2.15 の場合
# cd /etc/httpd/conf
# vi httpd.conf
==============================
Listen 80 （httpd.confに、すでに記載済みであることを確認）
NameVirtualHost *:80 （httpd.confに、すでに記載済みであることを確認）
（以下の内容を、httpd.conf の最後に追加する）
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin root@localhost
DocumentRoot /var/www/html/XXX （XXXは任意のディレクトリ）
ServerName www.example1.com （取得した独自ドメイン）
ErrorLog logs/error_log
CustomLog logs/access_log combined
<Directory "/var/www/html/XXX"> （ドキュメントルートにあわせる）
Options FollowSymLinks・・ （必要に応じてオプションを設定）
AllowOverride None
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
</VirtualHost>
<VirtualHost *:80>
ServerAdmin root@localhost
DocumentRoot /var/www/html/YYY （YYYは任意のディレクトリ）
ServerName www.example2.com （取得した独自ドメイン）
ErrorLog logs/error2_log
CustomLog logs/access2_log combined
<Directory "/var/www/html/YYY"> （ドキュメントルートにあわせる）
Options FollowSymLinks・・ （必要に応じてオプションを設定）
AllowOverride None
Order allow,deny
Allow from all
</Directory>
</VirtualHost>
（httpd.conf を保存する。）
==============================
# apachectl configtest （httpd.conf に間違いがないかチェックする）
# /etc/rc.d/init.d/httpd restart （Apacheの再起動）
上記の設定の場合、
http://www.example1.com/ でアクセスしてきた場合は、/var/www/html/XXX 配下のコンテンツが表示されます。
http://www.example2.com/ でアクセスしてきた場合は、/var/www/html/YYY 配下のコンテンツが表示されます。
また、error_log と access_log の出力ファイルをわけていますが、同じにしても大丈夫です。
■ubuntu 18.04 LTS ＋ Apache 2.4.29 の場合
/etc/apache2/sites-available 配下にある 000-default.conf をコピーして
001-default.conf を作ります。
# a2ensite 001-default.conf で 001-default.confの設定を有効にしておきます。
001-default.conf では、すでに <VirtualHost> タグを使用しているので（囲っているので）それを利用します。
# vi 001-default.conf
==============================
（以下の内容のように修正、加筆する）
<VirtualHost *:80>
ServerName www.example1.com （独自ドメインに修正する）
ServerAdmin webmaster@localhost
DocumentRoot /var/www/html/XXX （XXXは任意のディレクトリ）
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error.log
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access.log combined
#（以下の<Directory>・・</Directory>は追記する）
<Directory /var/www/html/XXX> （ドキュメントルートにあわせる）
Options FollowSymLinks・・ （必要に応じてオプションを設定）
AllowOverride None
Require all granted
：
</Directory>
</VirtualHost>
#（以下は、まるまる追記する）
<VirtualHost *:80>
ServerName www.example2.com （独自ドメインに修正する）
ServerAdmin webmaster@localhost
DocumentRoot /var/www/html/YYY （YYYは任意のディレクトリ）
ErrorLog ${APACHE_LOG_DIR}/error2.log
CustomLog ${APACHE_LOG_DIR}/access2.log combined
<Directory /var/www/html/YYY> （ドキュメントルートにあわせる）
Options FollowSymLinks・・ （必要に応じてオプションを設定）
AllowOverride None
Require all granted
：
</Directory>
</VirtualHost>
（001-default.confを保存する。）
==============================
# apache2ctl configtest （conf に間違いがないかチェックする）
# service apache2 restart （Apacheの再起動）
完了。